然而，一切的努力都是徒劳的。在郑彦华仓促下令撤退的那一刻起，这支拥有上千艘大小战船、一万五千兵将的江南水军的命运便已经注定了。混乱而无序的撤退使得他们中的绝大多数战船都被堵塞在了一段长约三、四里的江面之上，成为如猛虎般扑过来的周军战舰的活靶子。
与江防第一舰队相比，来自“飞龙军”海军的南征舰队无论是战舰的体型还是舰上装备的火炮的口径都远远高出，不在一个等级之上。六艘较之江防第一舰队主力舰大上近一倍的“飞龙军”海军海蛟级轻型巡洋舰虽然在火炮数量上并没有增加多少，但其火炮的最小口径却与后者火炮的最大口径相同，火力不可同日而语。也正是由于有了“飞龙军”海军南征舰队的加入，使得这场较此前武昌水战、池州水战规模都大上许多的采石矶水战持续的时间却要比前两场水战来得短。面对海蛟级轻型巡洋舰130mm和105mm舰炮的猛烈轰击，江南水军的战船成片成片的被炸沉，或者成为一把把熊熊燃烧的火炬。不过短短半个小时的时间，原本拥挤不动的江面就变得豁然开朗，除了百十艘侥幸躲过炮击的中小型战船，以及少数还在燃烧着缓慢下沉的战船残骸外，这支江南水军的其他船只要么沉入江中、要么变成碎木漂浮在江面上，再也不会堵塞航道了。
在沉没的战船中也包括了率先逃跑，却成为海蛟级轻型巡洋舰首选目标，被两枚130mm炮弹直接命中，瞬间变成碎片的郑彦华座舰。由于随即又有十来枚130mm炮弹接踵而至，所以郑彦华本人及舰上五百名兵将皆葬身鱼腹，无一生还。当然，江南水军的损失绝不仅仅是这五百余人。此役江南水军被击沉大小战船九百一十艘，损失兵将一万两千五百余人，另有一百三十余艘中小型战船及两千五百名兵将被俘。只是，与杜真及其麾下一万余将士悲壮赴死，得到曾志林乃至整个南征军的敬佩不同，郑彦华及其麾下这一万两千五百兵将的死就显得既窝囊又可怜，为人所不齿了。
建隆二年阴历四月二十八，在留下“飞龙军”四师三团、“保安军”四个团及江防第一舰队部分战舰守护浮桥后，南征军兵分两路。左路军（东路军全部及中路军四师二团）由王崤峻、徐绍安率领，自采石矶一路向东北，沿长江直扑金陵；右路军（西路军及中路军其余部队）由曾志林率领，折而向东，在扫清溧水、句容等外围州县，并接应自东南方向而来的南路军后，再调头向西，与左路军会师于金陵城下。
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