随着时间的推移，元顺帝妥欢贴睦尔与右丞相伯颜的矛盾日益尖锐，后来在伯颜之侄脱脱的坚决支持下，元顺帝妥欢贴睦尔终于力排众议，成功地废黜了伯颜，并控制了政局。随后，伯颜以前很多不当的政策都被元顺帝妥欢贴睦尔下令废除。
1343年，元顺帝妥欢贴睦尔下令修撰辽史、金史、宋史三史，由右丞相脱脱，后改由阿鲁图主持，于1345年修成。1350年，元朝境内发生通货膨胀，加上为了治水，当时由于黄河水灾频繁，元惠宗下令右丞相脱脱遏黄河回故道以整治水患，加重了徭役，导致1351年红巾军起义。虽然1362年元军获得一定胜利，但由于起义军的势力已大，朝廷内部又发生皇帝和皇太子，即后来即位的元昭宗孛儿只斤?爱猷识理答腊。两派之间的明争暗斗，因此元惠宗无法有效地控制政局，而在外的各行省的将领有时也各行其是，不听中央政府统一指挥。这一切给南方农民起义壮大的机会。
1368年，明军进攻大都，元顺帝妥欢贴睦尔向北撤退，到达上都，后转至应昌。并两次组织元军反攻，没有取得成功。1370年5月23日，元顺帝妥欢贴睦尔病逝于应昌。
元顺帝妥欢贴睦尔刚刚继位当上皇帝的时候，朝廷内外，内忧外患，山雨欲来风满楼，动荡局势动荡不安，天灾人祸，一桩接着一桩，一波未平，一波又起，弄得他焦头烂额，疲于应付，就连上天也跟着添乱，与他作对，正当全国天灾不断，难以应对的时候，天空中的星象接连出现变异，闹得全国民众，人心惶惶，惊恐不安。
在当时有朝廷官员和民众看来，天空中的星象变异，完全是上天对元朝的警告，星象变异就是皇帝无德无能，政局动荡的预兆。当时天空的星象屡次变异，接连不断，最初是说荧星侵犯南斗星，接着又报告说辰星侵犯了房宿星，朝廷里专门管理天文的官员，忽然报告说太阴又侵犯了太微垣星，更奇怪的是本来应该晚上出现的太白星，突然间在白天出现，太白星在白天里经过天空，这些怪异的天象连接不断地出现，搞得元顺帝妥欢贴睦尔心惊肉跳，胆战心惊，内心里极度忧伤，弄得六神无主，手足无措。
为了对付天空中诡异的星象，元顺帝妥欢贴睦尔立即召见了朝廷里老谋深算的大臣伯颜，到宫廷里来商议应对的策略，伯颜对皇帝说：“天空中的星象出现诧异，其实与我们的人世毫无关联，完全是风马牛不相及的事，与我们什么关系也没有，皇帝陛下你又何必过于担忧呢？”伯颜真是一位学识渊博，头脑冷静的人物，对天象的解释的确明智达观。
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