崇祯六年九月初，利用长江的枯水期实施清理长江礁石的工程开始了，参与实施的是从台湾派来的一个国防军的工程队，由独立四团配合实施。
他们使用的是朱万文新研制出来的黄火药，这种火药的特点是抗震动，稳定，不容易意外爆炸，比较安全，同时爆炸力强于黑火药。在朱万化的启发之下，朱万文又研制出电雷管，使用导线连接到手摇发电机上，电机一摇动就可以起爆，这就增加了施工的安全度。
他们还有一个工具，就是一门特制的120毫米迫击炮，专门用来炸毁礁石的。
它的头一个特点是口径大，射程短。要获得大的爆炸力，炮弹就要大，装药多，并且需要一定的穿透能力，能够钻入石头之内爆炸效果才最好。炮弹大，火炮的口径就要大，最容易实现的大口径火炮，就是迫击炮，限于技术能力其他的火炮造不出这么大的口径。为了减小炮膛压力，不至于炸膛，就要减小倍径，就是炮管短，所以射程就短，只有三里（1500米）的射程。爆破礁石也不需要长射程，但是炮弹的初速小，冲击力小，就是缺点了。
他还有一个特点，就是如果有比较垂直的山体支撑的条件，它有一个专门的炮架，可以方便地调整支撑点，用山体来抵消后坐力，这样就可以平射了，这样的直瞄射击准确度高。三峡的山地随时可以提供直射的条件。这种射击方法对于隐藏于水下的小型礁石特别有效。
三峡的礁石很多，选择爆破的原则就是：第一，严重威胁航运安全的礁石，第二，现有的技术可以实施爆破的礁石。
三峡中就有那种像一条长城一样耸立于江水之中的巨大礁石，现有的技术条件是对付不了的。
按照这种原则，选择出了第一批需要爆破的礁石，当然滟滪堆就必定名列其中了。
工程队的一个分队来到了滟滪堆，按照勘测的情况预订出滟滪堆的清除方案，要划分几个步骤：第一是清除其东北侧的杂乱礁石，目的是疏通上行拉纤的航道，清除这里的暗礁，解决“瞿塘不可上”的问题。
还要细化的划分几个小步骤：首先是能够人工打炮眼、或者直接安放炸药爆破的，就要采用人工爆破清除。之后是人力做不到的，用120迫击炮轰击，经过这两步航道就应该基本上清理出来了。最后再使用钢材制作的多脚支架的办法，接近需要清理的残余礁石，人工处理。
这一处像乱石滩一样的航道有一百五十多米长，宽度也有七八十米，经过勘测，需要清除的礁石就有大小二十多处。这些礁石大多三四米大小，也有十多米大的，像青石板一样平铺在水下一尺多深的地方。
勘测期间就有不少从下游拉纤上来的船只，工程队也会不失时机的征求这些水手的意见：那个礁石更危险？船工们很高兴，也很热情，天下竟有这样的好人，来做这等善事，但愿好人得好报！但是，他们却带着怀疑的目光，心中也是不相信这几十个人能够清理这里的礁石。当听说还要清除滟滪堆时，吃惊的张大了嘴巴，无论如何不敢相信。
黄火药是可以水下爆破的，用铁管密封的炸药爆破力更强，能够人工安放炸药，或者可以打炮眼安装炸药的还是多数，不容易接近的地方，就采用钢铁的多脚支架。
经过两天的准备第一批爆破点就全部安放了炸药。上下游都有专人管理，拦截过往的船只，暂停航运。然后装雷管，拉导线，一声令下，摇动电机，“轰！”的一声，第一次爆破就引爆了。
江水中腾起十几个冲天的水柱，碎石漫天飞舞，黄火药的威力的确比黑火药猛烈的多，并且烟雾很少。经过检查，爆破效果还是明显的。礁石的爆破不是一次就能清除的，同一块礁石都要经过数次爆破，大块的礁石，每一次爆破就有多个爆破点同时起爆。
这种工作也是越干越熟练，半个多月的爆破施工，航道上大部分预定要清除的礁石都达到了清除的标准。这个标准就是水下一米的深度内不能有礁石的存在。
拉纤的木船一般吃水深度都不到两尺，一米的水深足够用了。
位于航道中部激流中尚有三处礁石，人力接近难度大，这就要动用火炮了。
火炮就安放在江岸不远的石崖下面，依靠石崖来抵消后坐力，短粗的炮筒上装有瞄准镜，前装炮弹，拉火绳击发。炮弹的发射药是黑火药，弹头内装的是黄火药。因为背靠石崖，所以就水平瞄准射击。修建这个炮击的工事也是很费了一番功夫，特别是支撑部分，一定要牢固，这么大的火炮发生事故也是不得了。
120毫米口径的大炮，炮声也是惊天动地，激起的水柱数丈之高。爆破后观察发现，炮弹并没有直接轰击到礁石，对于水下的礁石瞄准还是有难度的。就这样，一炮一炮的实验，前几炮打得都不理想，不过经验要慢慢的总结，每打一炮都现场查看，后面的炮就打得准了，效果也就显露出来。
但是火炮还是比不上人工打眼放炮的效果，用朱万化的话来说，几百发炮弹打掉一块礁石也是值得的。这话还是说对了，三块礁石打了四天，平均每一块礁石六七十发炮弹才算清除干净。
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