联省的一方太忙了，忙得不可开交，南京朝廷也没闲着，这次收复浦口是他们的重大行动，战役规模不大，可是动用兵力不少，不但兵部尚书亲自过问督战，就是杨嗣昌也是不时的过问，因此，这个小战斗成了大明朝廷的大事件。
除了浦口，朝廷还准备对长江、运河等几处航线都同时动手，先发制人，因此军队、物资的调动也是很庞大的。可是有一点被杨嗣昌忽略了，那就是与国防军做邻居的官军、官员，他们与花皮的关系一般都不错，有些还很密切，也有利益瓜葛，因此，朝廷的命令就被打了折扣，甚至阳奉阴违了。作战的效果就不得而知了。
除了进攻，更要想到防御，朝廷与国防军多年和平共处的结果，形成的边界防线太多太长了，犬牙交错非常复杂，朝廷也要选择几处防线建立防御，这也是杨嗣昌、傅宗龙要谋划的。
朝廷的五军都护府实际上就是个部队的管理调动机构，如果说权利的话，他们的手中握有调兵的兵符将印，手中储备着一定数量的参将、将军，这些军官都是光杆司令，作战时给他们分配卫所兵才能形成作战的军队。这都是洪武皇帝建立的制度，制度是完善的，它避免了将领拥兵自重，但是现实是残酷的，卫所制度漏洞百出，已经是名存实亡了。随着卫所制的萎缩，营兵的增加，这个功能等于作废了，连同着兵符将印也是徒有虚名，实际上毫无用处。其道理很简单，没有兵，兵符将印管谁去？无兵的将领有何用？因此，都护府在明末的战争中起到的作用越来越小了，几乎成了为遗忘的角落。
朝廷作战的总指挥就是兵部了，除非以后形成了一条战线，组成一个军事集团，到那时需要委派大都督、都师一类的角色。但是现在的总司令就是傅宗龙，杨嗣昌相当于他的上司兼参谋长。其他的朝臣都是参谋幕僚。
主攻浦口的一路调动的是长江以北的官军，总计有三万多人，由参将王少哲率领，这是一位能征惯战的战将，曾经在孙承宗的麾下鏖战于辽东战场。
朝廷为了争夺浦口这一战，也是下了大力气，他们调动了三支部队，任命了三个得力的参将做统帅。南京以东调动的是镇江的部队，有一万五千人，傅宗龙给他们的任务是截断南京以东的长江航路，阻挡花皮援军。他们的兵力分布于镇江到南京的沿江地带，选择合适的地点建多处炮兵阵地，以炮兵为主，辅助以大量的木制战船实施阻击。南京西南的长江航路上同样是一万五千左右的官军，执行类似的阻击任务。
王少哲不仅是浦口前线的总指挥，他还有节制另外两路官军的权利。
这样算来官军的总兵力达到了六万人，为了对付浦口的两三百名国防军驻军，他们的确下了大决心，纯属于杀鸡用牛刀。
九月十四日午时一过，漫山遍野的官军蜂拥而至，团团围住了浦口城。官军调动的人数太多，大军行动迟缓，他们提前一天围城，进攻行动定于明日。
浦口城紧靠着长江，与对岸的下关码头隔江相望。长江在这里是从西南向东北方向流动的，浦口城依地势而建就是一个倾斜的正方型城池，城的四个角倒是指向了正东正西，它的西南城墙临江，距离只有二三百米。城外的护城河在正东方向与长江联通，这里有一个水门，水门与城墙有一个丁字墙连接。
官军围城就只能围三面，沿江的河滩太过于狭窄，官军也知道花皮的火器厉害，那一边是绝对不敢去的。其他的三面也是远隔在五六里之外，远远的包围，这个距离是避免被炮击的安全距离。
兵部尚书傅宗龙亲临前线，他按照计划，立即派两名使者入城，对花皮劝降。
然后召集一干的军官进行战前的会议，他亲自训话，他说道：“各位将佐，浦口已经包围，明日即将开战，我围城的官军有三万，城中花皮仅一百五十人，我要求全部歼灭或者俘虏，不准一人漏网。攻城之战如何打，我就不干预了，一切由王参将调度。我今日到这里就是为了向各位宣布我大明的军规。
现在我宣布：不听将令者杀！畏缩不前者杀！主官不退下属后退者杀！陷主官于危险者杀！主官畏敌后退者，督战队杀！
这是五杀令！各位都要记住，并通告全军。每一个千户、百户都要组建督战队，在你们督战队的后方，是锦衣卫的督战队。
我给各位介绍一下，这一位是新任的南京锦衣卫都指挥使吴孟明将军，他的职责就是监督全军，拿不下浦口，则全军战死！
我希望各位将军努力作战，对你们的战功皇上不会吝啬褒奖赏银，你们的伤亡是向皇上尽忠，皇上会优抚你们的家人。
我的话说完了，我等待你们的捷报。”
锦衣卫指挥使骆养性已经陷于花皮之手（实际已经死亡），朝廷任命了吴孟明为新一任指挥使，此人的历史评价也有点意思：“贪官、无害”。就是贪图钱财，没干过坏事的意思。
杨嗣昌和傅宗龙都是多年带兵之人，他们都知道，江南的兵没有经过大的战争考验，虽然有训练，但是军纪不佳，战场上更是稀松。这样的军队，对花皮作战，如果没有严肃的军纪，三万之众也会被花皮的一百多人击退。所以他才亲临战场训话，并且从崇祯皇帝那里要来了锦衣卫监督战场纪律。
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