然而这位黄总兵不思杀贼报效朝廷，反在嘉定、昆山相继被奴军贼兵占领后，竟带部下在松江城中发难，软禁了松江知府徐汧、吏部考功司主事夏允彝等人。
松江府城的沦陷使得松江府属各县士绅顿时惶恐，逃的逃，跑的跑，很快上海、华亭二县便被义师占领。
苏州那边，太湖鱼民赤脚张三聚众造反后曾经围攻过苏州城，然而却被城中的明朝副总兵鲁之逊带人击败。
兵败之后的张三带残部逃入太湖，又转而在无锡、金坛等地活动，皆连击败多股明军，更是与其他奴军共同进逼南都，于方山一带大败明朝应天巡抚王永祚指挥的乡兵，声势一时高涨，以致南京那边吓得闭门封城。
不过张三等人也没有真的去攻南京城，而是返回太湖休整数日后大张旗鼓再攻苏州城。
这一次张三的太湖水军展现了比起事之初更强的战斗力，以四百披甲兵猛冲明副总兵鲁之逊的兵马，尔后多方合力将鲁之逊残部围困于泖湖。
张三采纳其部参军蒋国柱的计重，用小船截断泖湖出口，之后乘风纵火，明军水师船只高大，运转不灵，被烈火一一焚毁。鲁之逊同从嘉定逃出窜至其部的吴淞游击吴志葵都被活捉。
不久后，苏州城内的苏松巡抚祁彪佳便接到以鲁之逊名义发出的檄文，称明朝无道，于江南地区强征暴敛，所得财富一不思北伐驱逐鞑虏，恢复故都；二不用于整兵备战，却大笔大笔的拨于那鞑子阿济格同汉奸吴三桂，以江南人民血汗养此二奸。如此朝廷可谓昏庸无道，故天下有志之士当群起而攻，革新社稷。
江阴方面，原江阴典史阎应元突然袭杀奴军首领徐有量，夺其兵权后派人往城中劝降陈明遇、冯厚墩。陈、冯二公不肯出降，守备顾元泌却被削鼻班重金收买，连夜率部出城。
没了顾元泌部助守，陈明遇、冯厚墩独臂难支，加上阎应元再三保证不犯江阴百姓，迫不得已只好开城投降。
随后，阎应元自封江南提督，号召左近共抗南都。
另有义师吴胜兆领兵攻入吴江县，杀明知县朱廷佐，树旗响应愿奉阎应元为首。
阎应元据江阴之后，遣兵攻常熟，该县知县陈日升吓的魂不附体，向苏松巡抚祁彪佳求救，祁彪佳遣兵800往援，半道却被吴胜兆部截住，双方在常熟境内的南湖荡、沙家浜一带交战。
苏松巡抚祁彪佳所遣800兵原是北方沦陷后逃至江南的溃兵，这些士兵不习水战，吴胜兆利用此点，事先派部下操舟好手混于民间。
待明军抢掠百姓船只载兵追击之时，吴部下操舟好手即扮成水手为之操舟，行至湖中，却是纷纷跳入水中，取出工具把船只凿沉，致使明军淹死两百多人，带兵守备彭某也被击毙。
吴胜兆获胜之后，又同奴军李国翰部、义师郎廷佐部会合，纠集上万人攻打苏州。
取得泖湖之捷的赤脚张三也从太湖向苏州进攻，松江一带也有多支奴军义师前来助战。
多股义军会师苏州，人马多达五六万人。
苏州城中人心惶惶，副总兵鲁之逊被捉，守备彭某被杀，城中守军不足千人，南都援军迟迟不至，为保全城中商民百姓，苏松巡抚祁彪佳不得不派人出城与义军协商，终以苏州不奉南都之命，并为多路奴军提供钱粮为条件换得诸军不攻城。
苏州、松江二府的彻底“沦陷”，使得江南奴变形成新的高潮。
各路奴军从起事之初的流窜乡野，破坏袭击明军卫所转而营建城镇，发动百姓，事实上形成根据之地，已经对南京明朝统治形成足以颠覆的威胁。
当苏州被奴军所围消息传到南京时，实在是坐不住的弘光皇帝终是拉下脸来亲自拜访养病的孙武进，好话说尽，以武安伯爵位换取孙统制带病领军出征。
可孙伯爷领大军出城三日，却才走到淳化镇，这可把南京城中急坏了。不得已，在首辅王铎的劝说下，弘光帝再晋孙武进为武安侯。
敕书一到，孙武进精神一振，一日便行三十里，但之后却以遇贼为名又停留不进。
而此时，苏松巡抚祁彪佳已同各路奴军和谈，并以个人名义发表支持废奴的公揭。
这可是自奴变以来第一个转而支持废奴，并向贼寇公开纳降的督抚大员。
性质十分恶劣，随后顾炎武、归庄等江南有名大儒的公揭也不断传到南京，造成朝野哗然一片。
老家常熟被奴军所占的文坛大宗师钱谦益痛心疾首，称“朝廷再不能平乱，则乾坤必然颠倒”。
一道晋武安侯为武安公的敕书快马出了南京城。
不想，领着大军在句容正与几百“强敌”对峙的武安侯却看也不看国公的丹书铁券，带着一众部将就去游玩律宗第一名山宝华山去了。
临行前给那来宣旨的内侍摞下一句话——“江南乱事，非王者不能平！”
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