由于倭国人早有准备，故而这次远征军遇到了更顽强的抵抗，高丽军统帅洪茶丘被俘杀，几名蒙古高级指挥官也相继阵亡。
激烈的战斗持续了一个多月，远征军的损失已超过三分之一，因为倭国人沿海滩构筑了一道坚固的石墙，这使得元军屡屡进攻始终无法突破。
到七月下旬，元军的粮草和箭已基本告罄，因此以元军的撤退收场。
通过对史料的分析，李云天认为蒙元之所以两次进攻都未能征服倭国，主要受到六大因素的制约：
一，第一次东征倭国时兵力不足，南宋尚未灭亡蒙古仅控制了北方中国、当时蒙古帝国正集结重兵准备南下攻打南宋，用以进攻倭国的兵力只有五万，劳师远征而且是蒙古人不擅长的跨海作战，再加上日本民族强悍，所以这些兵力显然不够。
当然了，兵力不足的原因除了蒙古帝国多线作战的因素外，更主要的是忽必烈轻视了倭国的军事实力。
二，蒙古在战术上没有丝毫的优势，按照倭国人事后的说法，蒙古人的战斗力并不像想象的那样强大。
战争开始后倭国人采取了与蒙古人贴身近战的战术，这使蒙古人的弓箭和回回炮优势失效。
虽然蒙古兵能吃苦耐劳，必要时他们可以靠吃生马肉、喝马血维持生命，且作战机动性很强，一般只带很少的粮草，士兵的吃穿问题主要通过掠夺战争地区来解决。
可这两次东征中蒙古人无法发挥自己的特长，一直未能突入内地居民区，因此不可能有掠夺之地。
三，蒙古在武器装备上没有明显的优势，远征倭国使得蒙古第一次遇到了武器装备不逊于自己的对手。
倭国人装备的优势不仅在于战刀也在于武士的铁甲，据传元军普通士兵的刀剑与倭刀一碰即断，当时倭国的冶炼和刀具制作技术世界一流，倭刀的性能只有北印度和西亚出产的大马士革钢刀可以媲美。
因此只要距离稍远，蒙古弓箭就无力穿透日本武士的盔甲，失去了赖以自豪的弓箭的威力。
四，倭国的武士自小开始接受严格的军事训练，战技远胜蒙古人，根据蒙古人的记载，倭国人擅长单打独斗，拥有强悍的战斗力。
五，跨海作战保密不严，两次东征忽必烈都不是突然袭击，攻其不备，倭国事先都得到了情报并做出了相应的迎战准备。
尤其是第二次东征，倭国人严密侦视了蒙元的动向，对蒙军来袭做了充分的战争准备。
六，天公不作美，飓风帮了倭国的忙，故而后来被倭国人尊为神风。
蒙元两次东征倭国都遭到猛烈的飓风袭击，可谓损失惨重，第二次远征时的八月一日，海上突然刮起了猛烈的飓风，风暴持续四天使得元军南方舰队的舰船基本被毁，而北方舰队的舰船也损失大半。
北方舰队剩余的舰船搭载指挥官以及部分蒙古军和高丽军逃离战场驶返高丽，而南方军的指挥官和部分高级官员眼看回天无术也只得丢下大部队，乘南方舰队残存的几艘船逃离。
值得一提的是，此时九龙山的海滩上尚留有近十万与倭国人交战的元军，这些人失去了补给和退路又无力突破日军的防线，最终陷入绝望境地。
三天后，倭国人开始大举反攻，将残存的元军驱赶至一处名为八角岛的狭窄地区然后纵兵攻击，这使得元军大部被杀，剩余的两万多人作了俘虏，蒙元的第二次东征也宣告失败。
每当李云天想到九龙山海滩上那十万无助的元军时心中都颇为感慨，万万想不到蒙元军队的统帅竟然把那些士兵丢在了空旷的海滩上，使得十万大军粮草耗尽后被歼，实在是令人痛惜。
因此，为了日后能够顺利地征讨倭国，李云天很早就开始准备相关的事宜，可以说明军水师的成立就是为了对付倭国，在他看来倭国才是大明的终极敌人，务必要将其铲除，以免后患。
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