大战争的结束，圣阳帝国干预新月帝国的局势，偷鸡不成蚀把米，元气大伤，短时间内也没办法动兵，而新月帝国连年战乱，百废待兴的状态，也使得新月帝国无力对圣阳帝国发动报复。
日月大陆进入到了一场短暂的和平时期。
曦灵登临帝位之后，便展现出了一个明君圣主应有的姿态，她让这个国家恢复生产，休养生息，重赏有功之臣等等。
而因为武魂殿帮助她复国的缘故，她允许了武魂殿在新月帝国境内各城市建立武魂殿分殿，并且允许武魂殿获取新月帝国文献馆的魂导器技术。
而半毁的摘星楼图纸则作为礼物送给了楼高。
曦灵封比比东为新月帝师，而十六夜秋她们则被封为新月帝国荣誉贵族的称号。
战争的结束，日月大陆的大陆魂师协会龙擎天迫不及待的上门，邀请安月等人参与这场神都遗迹的探索。
参与神都遗迹的探索，总共有三方势力，一方是黑龙宗为代表的大陆魂师协会，另一方则是邪魔森林当中的七十五万年魂兽，邪眼暴君主宰，而剩下的一方则是安月，比比东，洛清绮三人。
想要找回曙光女神和皎月女神传承的曦灵也参加了这场行动。
神都遗迹位于日月大陆中央地带，圣阳帝国和新月帝国的交界处。这里被迷幻之雾所覆盖着用任何的力量去探索这片区域都十分的艰难。
在神都遗迹内部，有两个入口，一个入口是带着日月神印的入口，另一个入口则是一个三角结界！
他们首先采取的进入方式是由曦灵去打开日月神印的入口，曦灵额头的神印与入口的神印契合之后，空间之门打开，曦灵被吞了进去，然后其他人想要进去却被阻隔在外面了。
无奈，龙擎天他们只能选择另一个方式进入到遗迹当中，安月，邪眼暴君主宰，龙擎天三人分别来到了三角结界的任何一个角落里，三人催动魂力，轰开了入口，然后三方进入到遗迹的结界当中。
遗迹内部充斥着破碎神种所形成的混沌，行走在这片空间当中，走错一步，便被遗迹内部的混沌空间所影响。
哪怕是强者，稍有不慎，也会被混沌所吞噬。
龙擎天和邪眼暴君主宰的目标是遗迹的神种，而比比东她们则先要找到曦灵，因此三方就此分开了！
另一边，曦灵进入到日月神殿当中，得知了自己武魂蕾欧娜与塞蕾娜的来历，她们并不是斗罗大陆本身的神，她们是来自域外的神，她们互相排斥，互相敌对，然而，却被神都遗迹的坠落所影响，两人被神都遗迹卷入其中，因神力强大而无法挣脱其中的束缚，随着神都遗迹一同坠落到这座大陆之上。
为了重获自由，两人将自己本身的力量转化为了这座日月神殿，以武魂的形式打开了神都通往外界的大门，而她们则与曦灵融合，转化为了曦灵的武魂。
重回这里的曦灵接收了曙光与皎月两大女神的意志，在日轮祭坛接受了曙光女神的神考传承，在月轮祭坛接受了皎月女神的神考传承。
.......
遗迹内部，规则破碎，重力规则，生死规则等等，都显得混乱了许多，破碎的空间规则可以让你往前踏出一步，便不知道你出现在什么地方，而破碎的重力规则，可以让你时而感觉站在大地上，时而重力倒转，倒下。
但是这些规则的紊乱，比比东都通过了天基之眼，定位了安月和洛清漪她们，三方保持着联系。
洛清漪很幸运的在一处舞者神殿当中找到了一枚神种，二级神舞神种，神种虽然破碎，但也给了洛清漪提供了一个成神的可能。
比比东在进入到暗影神殿当中的时候也找到了暗影之神的神种，完整的神种被供奉在神殿当中，这一期间，来自大陆魂师协会的副会长也在与比比东争夺这枚神种，他被比比东所杀。
最终，比比东与洛清漪最终汇合，两人来到了时空神殿当中，透过时间神光所映射出来的过去的画面，神都遗迹的一切向比比东揭示了。
原来，这是一个破碎的神界，并不属于斗罗大陆的神界，这里的统治者正是时空神王，这里曾经爆发过一场神战，这场神战导致了这个神界诸神的黄昏，连时空神王都没能幸免，时空神王的神种破碎之后，化为规则之力守护者这片遗迹。
遗迹最终坠落在了这片世界，时空规则极为可怕，但是所防御的对手却是神级以上的人，哪怕是斗罗神界的神，也不敢轻易的接近这里，就有神被这道神力所吞噬，永封在神都遗迹当中。
极限斗罗成为了能进入这个遗迹的最强战力。
而与此同时，龙擎天也在不断的空间跳跃当中抵达了时空主神殿，他并没有多少收获。
时空神王虽然死了，但是主神神殿依旧履行着他的义务，启动了防御的机制，以咫尺空间的形式封锁了比比东她们的退路。
并且告诉这些入侵者，你们只有死到最后一人，才能离开这个咫尺空间。
与此同时，神殿当中的守护者也杀了出来，在空间神殿当中进行了一场大混战。
龙擎天安月比比东她们只能先解决守护者，然后在内部互相杀伐起来，在解决守护者的同时，龙擎天趁着安月不备的情况下偷袭安月，却被比比东使用悲伤魔女阻挡了下来，比比东让安月解决守护者，而她来解决龙擎天。
龙擎天并不知道比比东的第二魂技的秘密，最终，黑暗圣龙被比比东越来越强大的终焉魔女所扼杀。
安月也解决掉了神殿的守护者，但是主神殿最难的地方在于，只有一个人活下来，才能离开咫尺空间。
安月要通过自裁来让比比东活着离开这片空间，但是不想牺牲安月的比比东只能选择了可选的另一个办法！
她让安月守着，自己则进入到神考当中，与第六层魔神试炼场的BOSS镜像虚空兽交战，最终取得胜利，解锁了第六魂技，空间魔女，魂力等级也在不断的积累当中突破了极限的境界。
回到神殿当中，比比东带着安月使用空间魔女的能力转移出了主神殿。
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